Иппотерапия применяется для реабилитации пациентов с неврологическими и другими нарушениями, такими как аутизм, церебральный паралич, артрит, рассеянный склероз, черепно-мозговая травма, инсульт, травмы спинного мозга, поведенческие и психические расстройства. Эффективность иппотерапии по многим показаниям до конца не ясна, поэтому рекомендуются дальнейшие исследования. В отношении эффективности иппотерапии в лечении аутизма доказательств пока недостаточно. Метод используется также в случаях поражения слуха и зрения.